Použijte simulovaná ekologická data, konkrétně soubor simul1.spe, který je vytvořen z 296 druhů a 500 vzorků rozmístěných podél jednoho virtuálního gradientu (dlouhého 5000 jednotek) - soubor je tedy extrémně heterogenní.

1. Jak bude vypadat výsledek jeho zpracování v ordinačních analýzách PCA a CA?
2. Z celého souboru vyberte jenom prvních 50 vzorků - v datech jsou vzorky seřazeny postupně podle jejich pozice na gradientu, takže vybráním prvních 50 vzorků výrazně zredukujete heterogenitu dat. Jak budou vypadat ordinační diagramy PCA a CA na tomto homogenním souboru?

Řešení

Použijte data z třebíčských trávníků

1. Naimportujte data o druhovém složení a proměnných prostředí ze souborů s koncovkou *.txt.
2. Druhová data upravte logaritmickou transformací.
3. Spočtěte DCA, zjistěte délku první osy, total inertia a procentickou variabilitu zachycenou na první a druhé ose.
4. Nakreslete ordinační diagram DCA, ve kterém budou zobrazeny jednotlivé plochy různými barvami a symboly podle jejich vegetačních typů (klasifikace na jednotlivé asociace je uložena v proměnné graslands.env$classification).
5. Pomocí funkce spiderplot do ordinačního diagramu dokreslete pavučinu spojující vegetační snímky patřící do stejné asociace, a přidejte popisek doprostřed každého pavouka.
6. Porovnejte váš výtvor s obrázkem 3 ve článku Zelený & Li (2008). Měly by se shodovat, alespoň co se rozmístění bodů v prostoru a jejich shluknutí do skupin.

Nápověda

Řešení