User Tools

Site Tools


cs:forward_sel

Česká verze stránek není od roku 2013 aktualizována. Aktuální verzi této stránky najdete v její anglické verzi zde.

Postupný výběr proměnných

Instalace knihovny packfor:

install.packages("packfor", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Cvičení

Použijte data z trvalé lesní plochy v tropickém lese na ostrově Barro Colorado, konkrétně data o druhovém složení (BCI v knihovně vegan) a chemických rozborech půdních vzorků (BCI.soil). Prostudujte si popis k datovému souboru, abyste měli hrubou představu, s jakými daty budete pracovat. Cílem tohoto cvičení bude vybrat ty proměnné prostředí, které výrazně ovlivňují druhové složení vegetace tropického lesa.

  1. Načtěte druhová data a data o proměnných prostředí.
  2. Data o druhovém složení (BCI) představují počty jedinců daného druhu v ploše - použijte na ně logaritmickou transformaci.
  3. Data o proměnných prostředí obsahují jako první dvě proměnné souřadnice ploch na lokalitě - tyto proměnné ze souboru odstraňte, protože s nimi nebudete dále počítat.
  4. Než začnete dělat postupný výběr proměnných, ujistěte se, jestli je RDA zahrnující všechny proměnné prostředí průkazná nebo ne - pokud není, nemá cenu postupný výběr provádět.
  5. Pokud je globální RDA průkazná, přistupte k dalšímu kroku. Vypočtěte R2adj vysvětlené variability všemi chemickými proměnnými prostředími (z předchozího globálního modelu). Uložte tuto hodnotu do nějaké proměnné - budete ji potřebovat v průběhu postupného výběru proměnných.
  6. Použijte funkci forward.sel z knihovny packfor a z balíku chemických proměnných vyberte jen ty nejdůležitější. Kritériem výběru bude jejich signifikance a hodnota R2adj celého modelu.
  7. Nakreslete ordinační diagram, ve kterém budou promítnuty plochy a vektory s proměnnými, které byly vybrány pomocí postupného výběru.

Řešení

cs/forward_sel.txt · Last modified: 2017/10/11 20:36 (external edit)