User Tools

Site Tools


cs:indirect_ordination_env

Česká verze stránek není od roku 2013 aktualizována. Aktuální verzi této stránky najdete v její anglické verzi zde.

Proměnné prostředí v nepřímé ordinaci

Následující funkce používají data z údolí Vltavy:

veg.data <- read.delim ('http://www.davidzeleny.net/anadat-r/data-download/vltava-spe.txt', row.names = 1)
env.data <- read.delim ('http://www.davidzeleny.net/anadat-r/data-download/vltava-env.txt')

envfit

NMDS <- metaMDS (vegdist (sqrt (veg.data)), k = 2)
ef <- envfit (NMDS, env.data [, c('XERSSW', 'SOILDPT', 'pH.H')], perm = 999)
ef
***VECTORS

            NMDS1     NMDS2     r2 Pr(>r)    
XERSSW  -0.867631 -0.497209 0.2059  0.001 ***
SOILDPT  0.999948 -0.010229 0.3247  0.001 ***
pH.H     0.540870 -0.841106 0.4532  0.001 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
P values based on 999 permutations.
ordiplot (NMDS)
plot (ef)

ordisurf

ordisurf (NMDS, env.data[, 'pH.H'], main = 'pH')


Cvičení 1

Použijte simulovaná data simul2.spe a simul2.env.

  1. vypočtěte DCA
  2. nakreslete ordinační diagram
  3. do ordinačního diagramu jako vektory nakreslete proměnné gradient1 a gradient2, které najdete v simul2.env
  4. nakreslete znovu ordinační diagram a do něj proměnné gradient1 a gradient2 jako isočáry (jedna proměnná bude mít zelenou a druhá červenou barvu)

Řešení cvičení

cs/indirect_ordination_env.txt · Last modified: 2017/10/11 20:36 (external edit)