Použijte data z trvalých ploch v tropickém lese na Barro Colorado Island a analyzujte je následujícím způsobem:
BCI.env
1) pod proměnnými UTM.NS - zeměpisná šířka - a UTM.EW - zeměpisná délka), přičemž barva a symbol jednotlivých bodů budou opět odpovídat jejich klasifikaci do pěti klastrů
Nápověda k funkcím:
Na začátku nezapoměňte na všechny knihovny - vegan
, BiodiversityR
a cluster
!
log (x+1)
vegdist
agnes
(pro podrobnosti ohledně použití beta flexible metody a nastavení parametrů viz agnes (knihovna cluster)as.hclust
, plot
, rect.hclust
metaMDS
ordiplot
, points
(pro barvy budete potřebovat nastavit argument col
, pro symboly argument pch
)plot
, souřadnice bodů: x = BCI.env$UTM.EW, y = BCI.env$UTM.NSBCI.env
najdete v knihovně BiodiversityR. Protože je ale někdy obtížné tuto knihovnu nainstalovat, uložil jsem soubor BCI.env
i na tyto stránky - do eRka ho dostanete pomocí BCI.env <- read.delim ('http://www.davidzeleny.net/anadat-r/lib/exe/fetch.php?media=data:bci.env.txt').