User Tools

Site Tools


cs:mix:coral-reef-betadiversity

Změna složení společenstev korálů po disturbanci El Niño

Použijte data z korálových útesů v souostroví Tikus (Indonésie). Datový soubor obsahuje údaje o pokryvnostech 75 druhů korálových útesů, které byly sbírány na 10 transektech v letech 1981-88. V roce 1982 jako důsledek El Niño byla oblast zasažena dramatickou disturbancí, která vedla k vybělení korálů. Jak se tato disturbance projevila na betadiverzitě společenstev? Vyberte data z let 1981, 1983 a 1985. K výpočtu betadiverzity použijte dvě různé míry: Bray-Curtisův index nepodobnosti a Euklidovskou vzdálenost. Oba indexy se liší přístupem k problému dvojitých nul: zatímco Bray-Curtis dvojité nuly ignoruje, Euklidovská vzdálenost je bere v potaz, takže absence nějakého druhu ve dvou vzorcích činí tyto dva vzorky podobnější. Jak se to projeví při interpretaci změn v druhovém složení před a po disturbanci?

Postupujte následovně:

  1. načtěte data z korálových útesů a vyberte jen vzorky z let 1981, 1983 a 1985
  2. z druhových dat vypočtěte dvě matice nepodobností, jednu za použití Bray-Curtisova indexu nepodobnosti, jednu za použití Euklidovské distance (pro výpočet Euklidovské distance data zlogaritmujte funkcí log1p)
  3. každou z matic použijte pro výpočet NMDS
  4. každou z výsledných ordinací NMDS promítněte do ordinačního diagramu (budete mít dva ordinační diagramy, jeden pro NMDS počítanou na Bray-Curtis distancích, jeden pro NMDS počítanou na Euklidovských distancích). V ordinačních diagramech promítněte vzorky, a to tak, aby jednotlivé vzorky z jednotlivých let byly zobrazeny pomocí jiných symbolů. Do pravého horního rohu vložte legendu k symbolům.

Výsledné obrázky by měly vypadat takto:

Řešení cvičení

cs/mix/coral-reef-betadiversity.txt · Last modified: 2017/10/11 20:36 (external edit)