User Tools

Site Tools


cs:pcoa_nmds:solution_ex2

Řešení cvičení 2

library (vegan)
morse.dist <- read.delim ('http://www.davidzeleny.net/anadat-r/lib/exe/fetch.php?media=data:morsecodes-dist.txt', row.names = 1, head = T)
names (morse.dist) <- rownames (morse.dist)
NMDS <- metaMDS (morse.dist)
NMDS

V následujícím výpisu najdete hodnotu stresu:

Call:
metaMDS(comm = morse.dist) 

global Multidimensional Scaling using monoMDS

Data:     morse.dist 
Distance: user supplied 

Dimensions: 2 
Stress:     0.1800255 
Stress type 1, weak ties
Two convergent solutions found after 1 tries
Scaling: centring, PC rotation 
Species: scores missing

Ordinační diagram a Shepardův diagram se nakreslí následovně:

par (mfrow = c(1,2))
ordiplot (NMDS, cex = 1.5, type = 't')
stressplot (NMDS)

Zleva doprava se kódy prodlužují, zespoda nahoru se zvyšuje proporce dlouhých pípnutí na úkor pípnutí krátkých. Kódy E (.) a T (-) stojí mimo.

cs/pcoa_nmds/solution_ex2.txt · Last modified: 2017/10/11 20:36 (external edit)