Analysis of community ecology data in R

Použijte data z Ohrazení (vlhká experimentální louka), konkrétně data ohrazeni.spe a ohrazeni.env. Data jsou z experimentu na vegetaci, ve kterém je srovnáván efekt tří různých zásahů na druhové složení vegetace vlhké louky (kosení, hnojení a odstranění dominantního druhu). Výsledky jsou zajímavé jak z hlediska ochrany přírody (jak různý typ managementu ovlivňuje druhové složení a bohatost lučního společenstva), tak z hlediska teoretické ekologie společenstev.

1. Druhová data představují procentickou pokryvnost - použijte na ně odmocninovou transformaci.
2. Použijte pouze data z třetího (posledního) roku experimentu (ohrazeni.env$YEAR == 3).
3. Z druhových dat odstraňte první druh (Molinia caerulea, molicaer), který byl v rámci jednoho zásahu manipulován (odstranění dominanty).
4. V experimentu jsou tři zásahy: MOWING (kosení), FERTIL (hnojení) a REMOV (odstranění dominanty), které mají podobu binárních proměnných. Použijte je jako vysvětlující v RDA.
5. Kolik variability (vyjádřené pomocí R²_adj) každý z těchto faktorů vysvětlí po odstranění vlivu ostatních dvou faktorů?
6. Otestujte signifikanci vysvětlené variability každým z faktorů vždy po odstranění vlivu ostatních dvou.
7. Můžete také použít rozklad variance pomocí funkce varpart, nicméně testy signifikance musíte stejně provést zvlášť (pomocí funkce anova).

Řešení