zpradat:direct_ordination:solution_4.1
Řešení cvičení 4.1
DCA:
Analysis 'DCA' Method: DCA Total variation is 5.31066 Summary Table: Statistic Axis 1 Axis 2 Axis 3 Axis 4 Eigenvalues 0.5365 0.1859 0.1392 0.1182 Explained variation (cumulative) 10.10 13.60 16.22 18.45 Gradient length 3.95 2.27 2.05 2.01
Délka první osy je 3.95, což se blíží 4 S.D. - vybereme unimodální metodu přímé ordinace, tedy CCA.
CCA - forward selection bez Bonferroniho korekce (zahrnuto 6 vysvětlujících proměnných):
Analysis 'CCA - bez Bonferroniho korekce' Method: CCA Total variation is 5.31066, explanatory variables account for 17.0% (adjusted explained variation is 9.1%) Summary Table: Statistic Axis 1 Axis 2 Axis 3 Axis 4 Eigenvalues 0.4266 0.1310 0.1102 0.0931 Explained variation (cumulative) 8.03 10.50 12.57 14.33 Pseudo-canonical correlation 0.9151 0.7711 0.8702 0.8762 Explained fitted variation (cumulative) 47.35 61.89 74.12 84.45 Analysis 'CCA - bez Bonferroniho korekce' Forward Selection Results: Name Explains % Contribution % pseudo-F P Ca 6.6 22.4 4.8 0.0005 conduct 2.4 8.3 1.8 0.0005 Corg 2.2 7.3 1.6 0.002 Na 2.1 7.2 1.6 0.0025 NH3 1.9 6.5 1.5 0.0145 Fe 1.8 6.0 1.3 0.0275
CCA - s Bonferroniho korekcí, zahnruty pouze první tři vysvětlující proměnné (Ca, Conduct a Corg)
Analysis 'CCA - s Bonferroniho korekci' Method: CCA Total variation is 5.31066, explanatory variables account for 11.2% (adjusted explained variation is 7.1%) Summary Table: Statistic Axis 1 Axis 2 Axis 3 Axis 4 Eigenvalues 0.4072 0.1060 0.0798 0.3188 Explained variation (cumulative) 7.67 9.66 11.17 17.17 Pseudo-canonical correlation 0.9010 0.7813 0.8367 0.0000 Explained fitted variation (cumulative) 68.66 86.54 100.00 Analysis 'CCA - s Bonferroniho korekci' Forward Selection Results: Name Explains % Contribution % pseudo-F P P(adj) Ca 6.6 22.4 4.8 0.0001 0.0015 conduct 2.4 8.3 1.8 0.0003 0.0045 Corg 2.2 7.3 1.6 0.0011 0.0165
Nyní vytvoříme ordinační diagram CCA s 20 druhy, které mají nejvyšší fit k vysvětlujícím proměnným. Nejdříve nakreslete biplot s druhy a proměnnými prostředí (Graph > Biplots > Species + Environmental variables) a pak druhy prořeďte volbou Analysis > Plot creation options > Species selection, a zaklikněte show at most 20 best fitting species.
zpradat/direct_ordination/solution_4.1.txt · Last modified: 2013/11/12 14:00 by 127.0.0.1