zpradat:nmds
Table of Contents
3. Nemetrické mnohorozměrné škálování (NMDS)
Cvičení 3.1
- Použijte data z korálových útesů souostroví Tikus. Použijte soubory tikus.spe a tikus.env ve formátu *.cc! (canoco condensed), který se používal v předchozí verzi Canoco 4.x1).
- Spočítejte na nich NMDS - použijte Bray-Curtisovu míru nepodobnosti mezi vzorky, spočítejte ordinaci vzorků ve dvou dimenzích a použijte 10 perturbancí.
- Jaká je hodnota stresu výsledné konfigurace?
- Nakreslete ordinační diagram, ve kterém budou jednotlivé roky (1981, 1983, 1985) zobrazeny různými symboly. Diagram bude mít legendu vpravo.
- Spočítejte na stejných datech NMDS za použití euklidovské nepodobnosti namísto Bray-Curtis nepodobnosti. Jaký je rozdíl mezi výslednou NMDS a NMDS spočtenou na základě Bray-Curtis nepodobnosti?
Cvičení 3.2
- Použijte data o vzdálenostech mezi 21 velkými evropskými městy, která jsou uložena v souboru eurodist.txt a naimportujte je do Canoco. Nejjednodušší je vytvořit v CANOCO nový projekt s jednou tabulkou, která má 21 řádků a 21 sloupců, a do této tabulky naimportovat data ze souboru eurodist.txt, ve kterém jsou buňky oddělené tabulátory - klikněte na pravý horní roh tabulky pravým tlačítkem myši a vyberte možnost Import data from file....
- Na této distanční matici spočtěte PCoA, zjistěte délku jednotlivých eigenvalues a nakreslete ordinační diagram tak, aby Atény byly na jihu, Stockholm na severu a Gibraltar na západě (pokud nebude vypadat jako mapa Evropy, něco je špatně).
1)
Data je třeba naimportovat takto: File > Import project > From Canoco 4.x files...
zpradat/nmds.txt · Last modified: 2015/03/13 13:00 (external edit)